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提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

　　近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。

　　全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

　　统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

　　相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

　　该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

　　与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点： 可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。

　　该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

安阳八里庄遗址最新考古发现发布******

　　受河南省文物考古研究院委托，2022年4月，安阳市文物考古研究所在安阳市文峰区（高新区）原小八里庄村南地，新发现并确认一处以裴李岗文化为主体兼具磁山文化因素的新石器中期聚落遗址。近日，在2022年度河南考古工作成果交流会上，安阳市文物考古研究所对有关情况进行了发布。

　　八里庄遗址分布区呈不规则椭圆形，东西最宽约230米，南北长约150米，现存面积约2.7万平方米。在遗址分布区西南侧，钻探出一条古河道，大致呈西北——东南流向。

　　2022年发掘重点是在遗址区东部、西部边界处开挖的两条探沟，目的是探讨遗址形成、废弃成因及与古代环境之间的关系，了解遗址外围有无人工开挖的壕沟、有无更早人类活动遗存等现象。其中，东探沟为正东西向，长27米，宽2米。西探沟方向与钻探出的河道边线大致垂直，方向42度，长度42米，宽2.5米。

　　据安阳市文物考古研究所副研究馆员申文喜介绍，出土遗物以陶片为主，器型有泥质红陶小口双耳壶、平底罐、三足钵，夹砂侈口深腹罐、直口罐（盂）等。夹砂陶器表面多有纹饰，有篦点纹、绳纹、之字纹等。出土较多红烧土墙体残块，多数上面有植物茎秆印痕。石器种类有石铲、石斧、石磨棒、石磨盘等。另有少量骨蚌器。

　　安阳是历史悠久的古都，从旧石器时代到近现代的历史遗迹遍布全市。安阳八里庄遗址是目前所知裴李岗文化分布的最北界，也是同时期豫北地区最大的遗址，填补了安阳地区乃至整个豫北地区新石器时代中期文化的空白，进一步完善了当地考古学文化发展序列。八里庄遗址考古新发现对于揭示豫北地区裴李岗文化地方类型的文化内涵与特征等具有重要的学术研究价值。（刘瑞朝）

　　（文图：赵筱尘 巫邓炎）